转录组范围的m6甲基化概况揭示了在应激下,切换草 (Panicum virgatum L.) 的组织特异性调节网络
Mengzhuo Lin1, Huayue Liu1, Bowen Liu1
1College of Grassland Science and Technology, China Agricultural University, Beijing 100193, China.
Journal of hazardous materials
|July 12, 2024
概括
切换草通过N6-甲基氨酸 (m6A) 修改适应毒性,通过改变mRNA稳定性来调节基因表达. 这揭示了一个关键的m6A网络,用于运输和植物修复潜力.
科学领域:
- 植物分子生物学 植物分子生物学
- 环境毒理学环境毒理学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- (Cd) 是一种有毒的重金属,在食物链中构成风险.
- N6-甲基氨酸 (m6A) 是一个关键的RNA修饰调节植物应激反应.
- 在应力下的交换草中m6A的作用尚不清楚.
研究的目的:
- 在应激下调查切换草的生理和转录组范围的m6A甲基化模式.
- 为了阐明m6A修饰和基因表达在对的反应之间的关系.
- 为了确定关键的基因和监管网络,涉及运输和耐受性在切换草.
主要方法:
- 交换草暴露在50μM的CdCl2.2.中
- 转录组范围的m6A甲基化概况.
- 对差异表达基因 (DEGs) 和m6A丰富的分析.
- 对特定基因 (如ZIP4) 的基因表达和mRNA稳定性的验证.
主要成果:
- 在应力下,m6A修饰在停止和3'UTR区域附近得到了丰富.
- 在m6A修饰水平和基因表达之间观察到负相关性.
- 在芽中,调高的DEG显示m6A峰值下降 (例如,ZIP4);在根中,调低的DEG显示m6A峰值增加 (例如,ABCG25).
- 改变的mRNA稳定性被确定为将m6A丰富和基因表达变化联系在一起的机制.
结论:
- m6A 调节在草对应激反应中起着重要作用.
- 一个m6A调节网络控制着在草根和芽中的运输.
- 结果提供了对重金属污染物物理修复候选基因操纵的见解.
相关概念视频
02:23Master Transcription Regulators
Master transcription regulators are regulatory proteins that are predominantly responsible for regulating the expression of multiple genes. Often these genes work in concert to drive a complex process. Activation of a master transcription regulator can lead to a cascade of transcriptional activation necessary for that outcome. These regulators can directly bind to the regulatory sequences of the various genes involved, or they can indirectly regulate transcription by binding to regulatory...
01:28Global Regulatory Systems
Global regulatory systems in bacteria enable rapid and coordinated responses to environmental changes by integrating sensory inputs with gene expression, ensuring efficient adaptation to fluctuating conditions. Key global regulatory mechanisms include regulons, two-component systems, sigma factors, and secondary messengers.Regulons and Global RegulatorsA regulon is a collection of genes and operons controlled by a common global regulator. These regulators enable bacteria to prioritize resource...