CoPheScan:全现象关联研究,解释链接不平衡
Ichcha Manipur1,2, Guillermo Reales3,4, Jae Hoon Sul5
1Cambridge Institute of Therapeutic Immunology & Infectious Disease (CITIID), Jeffrey Cheah Biomedical Centre, Cambridge Biomedical Campus, University of Cambridge, Cambridge, CB2 0AW, UK. im504@cam.ac.uk.
全现象关联研究 (PheWAS) 现在可以更好地区分真正的遗传效应与使用CoPheScan的混,这是一种新的贝叶斯方法. 这种方法可以更好地识别与疾病和潜在药物点的遗传联系.
科学领域:
- 遗传学和基因组学 遗传学和基因组学
- 统计遗传学 统计遗传学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 全现象关联研究 (PheWAS) 将遗传变异与多个特征联系起来,帮助药物发现和副作用识别.
- 传统的PheWAS很难区分真正的类与由于链接不平衡 (LD) 的混.
研究的目的:
- 引入CoPheScan (Coloc适应的全现象扫描),这是一个贝叶斯方法,用于解决PheWAS中的LD混.
- 系统地探索因果遗传关联,同时控制LD.
主要方法:
- 开发了CoPheScan,这是一个贝叶斯的方法,适应了COLOC用于全基因组扫描.
- 通过模拟验证了CoPheScan,将其虚假阳性率控制与传统方法进行比较.
- 应用CoPheScan到英国生物库数据中,分析了2275种疾病表型中的蛋白质截断和精细映射变体.
主要成果:
- 与忽视LD的方法相比,CoPheScan显示出对虚假阳性率的控制能力更强.
- 分析揭示了已知基因如APOE.的复杂类效应.
- 确定了TGM3在皮肤癌发展中的潜在因果作用.
结论:
- 在PheWAS中,CoPheScan为准确的因果推理提供了一个强大的框架.
- 该方法增强了发现真实类效应和新型基因型-表型关系的能力.
- 研究结果表明,TGM3是皮肤癌研究的潜在目标.
更多相关视频
11:35Screening for Functional Non-coding Genetic Variants Using Electrophoretic Mobility Shift Assay EMSA and DNA-affinity Precipitation Assay DAPA
Published on: August 21, 2016
05:53Candidate Gene Testing in Clinical Cohort Studies with Multiplexed Genotyping and Mass Spectrometry
Published on: June 21, 2018
相关概念视频
Genome-wide Association Studies-GWAS
GWAS does not require the identification of the target gene involved in...
Single Nucleotide Polymorphisms-SNPs
Epistasis Analysis
Comparing Copy Number Variations and SNPs
Copy number variations or CNVs are the structural variations that cover more than 1kb of DNA sequence. The single nucleotide polymorphism (SNP), on the other hand, is a single nucleotide change or a point mutation that is found in more than 1%...
Incomplete Dominance
Hardy-Weinberg Principle
