基于ARTIC-/Illumina的全基因组测序协议和SARS-CoV-2分析管道的优化数据
Christian Bundschuh1, Niklas Weidner1,2, Julian Klein1
1Medical Faculty Heidelberg, Department of Infectious Diseases Virology, Heidelberg University, Heidelberg, Germany.
Data in brief
|July 15, 2024
概括
德国从2021年至2023年监测了SARS-CoV-2变种,以控制大流行. 全基因组测序发现了关键突变,有助于公共卫生工作.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 流行病学 流行病学
背景情况:
- 德国从2021年1月到2023年7月实施了SARS-CoV-2变种监测.
- 尖蛋白中的氨基酸变化与传播增加和疫苗疗效降低有关.
研究的目的:
- 通过全面的SARS-CoV-2变种监测来加强流行病控制.
- 详细说明用于变种识别的全基因组测序方法.
主要方法:
- 使用ARTIC V4协议对SARS-CoV-2阳性样本进行全基因组测序.
- 使用Illumina的NextSeq500和MiSeq平台进行测序.
- 精制生物信息学管道用于变种分析.
主要成果:
- 从临床样本中成功测序了SARS-CoV-2变种.
- 开发和优化测序和生物信息学协议.
结论:
- 实施的监测和测序策略有助于疫情控制工作.
- 为SARS-CoV-2变种的全基因组测序提供了详细的协议.


