整个基因组放大和个体Dirofilaria immitis microfilariae的测序
Rosemonde I Power1, Stephen R Doyle2, Jan Šlapeta3
1Sydney School of Veterinary Science, Faculty of Science, The University of Sydney, New South Wales, 2006, Australia.
Experimental parasitology
|July 15, 2024
概括
未成熟的Dirofilaria immitis (心) 微细菌的全基因组测序证明具有挑战性. 样本中高水平的宿主犬DNA污染阻碍了寄生虫基因组分析,影响了种群遗传学研究.
科学领域:
- 兽医寄生虫学 兽医寄生虫学
- 基因组学就是基因组学.
- 人口遗传学 人口遗传学
背景情况:
- 迪罗菲拉里亚 (Dirofilaria immitis) 是一种重要的兽医寄生虫.
- 美国正在出现耐药性心虫分离物.
- 了解全球耐药性需要进行人口遗传研究.
研究的目的:
- 评估使用未成熟的D. immitis生命阶段用于种群遗传分析的可行性.
- 为了评估微细菌的全基因组测序,进行遗传变异研究.
主要方法:
- 从狗血中对9种D. immitis microfilariae进行全基因组放大和测序.
- 测序的生物信息分析读取了对寄生虫和宿主基因组的映射.
主要成果:
- 超过99%的测序读取被映射到宿主狗基因组.
- 对D. immitis核和线粒体基因组的平均覆盖率低 (<1).
- 从残留的血细胞中确定了显著的宿主DNA污染.
结论:
- 对个体不成熟的D. immitis阶段进行全基因组研究是具有挑战性的,因为宿主DNA受到污染.
- 目前的方法可能不适合使用微细菌群进行种群遗传分析.
- 在基因组研究中利用未成熟的寄生虫阶段需要进一步优化.
