基于基因组和转录组对Tilletia indica进行比较分析,以破译在小麦中Karnal bunt病原性的因果基因

科学领域:

• 植物病理学 植物病理学
• 基因组学就是基因组学.
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 由Tilletia indica Mitra引起的Karnal bunt (KB) 对小麦生产构成重大威胁.
• 了解T. indica病变的分子机制对于有效的疾病管理至关重要.
• 印尼的二基酶在疾病发展中起着关键作用,但其基因组基础在很大程度上尚未被探索.

研究的目的:

• 为了生成和分析T. indica dikaryon及其单胞体线的基因组草案.
• 确定涉及T. indica病原和小麦病原体相互作用的基因和途径.
• 建立T. indica的综合基因组资源,以促进未来的研究和育种工作.

主要方法:

• 使用Illumina和PacBio平台进行全基因组测序,用于T. indica dikaryon和单胞体线.
• 基因组注释和比较基因组分析以识别多态SSR标记物.
• 感染小麦和T. indica在注射后的不同时间点进行RNA测序 (RNA-Seq).

主要成果:

• 成功生成了T. indica dikaryon (PSWKBGD-3) 和两个单胞体系 (PSWKBGH-1和2) 的基因组草案.
• 在感染期间,在T. indica和小麦中确定了众多高调 dikaryon 特定基因和差异表达基因 (DEG).
• 开发了TiGeR网络资源,一个全面的T. indica基因组数据库,包括基因,SSR和DEG.

结论:

• 这项研究提供了对T. indica的二相及其在卡纳尔邦特发育中的作用的关键基因组见解.
• 鉴定的基因和途径为开发用于管理小麦的新策略提供了潜在的目标.
• TiGeR资源是研究人员探索T. indica基因组学的宝贵平台,并加速开发抗KB的小麦品种.