在大型队列中自动检测单亲异构

科学领域:

• 遗传学 是一个遗传学.
• 基因组医学是基因组医学.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 单亲分裂症 (UPD) 涉及从父母中继承两个染色体副本,这一现象在遗传诊断中尚未得到充分证实.
• 目前的测序数据分析在可靠检测UPD方面存在挑战,在遗传诊断能力方面造成了差距.

研究的目的:

• 为了评估内部的UPD检测管道,使用大量的测序数据队列.
• 开发和设计一个公开可用的网络应用程序,altAFplotter,用于UPD检测.
• 为了提高与UPD相关的疾病的诊断产量,并提高对复发风险的理解.

主要方法:

• 对来自多基因面板和外基因测序数据的9212个样本应用了内部的UPD检测管道.
• 利用单个,双重和三重样本星座进行综合分析.
• 通过微卫星,MLPA和桑格测序验证已识别的UPD (异构体,异构体,细分异构体).

主要成果:

• 检测到14个以前未被诊断的UPD,包括九个异构体,四个细分异构体和一个异构体在染色体22上.
• 描述了八个UPD发现,由于同卵性致病变体或印记障碍,可能具有潜在的致病性.
• 证明了管道的实用性和altAFplotter网络应用程序在识别UPD中的可靠性.

结论:

• 开发的 UPD 检测管道和 altAFplotter 网络应用可靠地在各种序列数据中识别 UPD.
• 这种方法显著增加了患有生长障碍,代谢问题和发育迟缓的患者的诊断产量.
• 这些发现提高了对UPD的理解,对于复发风险评估和遗传咨询至关重要.