通过3色数字PCR分析在单个样本中快速PIK3CA热点突变特征的多重试验
Jean Helmijr1, Gianmarco Motta1,2, Lisa Jongbloed1
1Department of Medical Oncology, Erasmus MC Cancer Institute, University Medical Centre Rotterdam, Rotterdam, the Netherlands.
The journal of applied laboratory medicine
|July 16, 2024
概括
一种新的多重数字PCR (dPCR) 试验准确地检测液体活检中的常见的酸氨基醇-4,5-双酸3-酶催化子单元α (PIK3CA) 突变. 与现有技术相比,这种负担得起的方法需要更少的无细胞DNA (cfDNA).
科学领域:
- 分子诊断学 分子诊断学
- 癌症基因组学 癌症基因组学
- 数字 PCR 应用程序
背景情况:
- 在固体瘤中,PIK3CA的激活突变很常见.
- 针对PIK3CA突变的向治疗需要精确的分子诊断.
- 液体活检为癌症突变检测提供了一种非侵入性的方法.
研究的目的:
- 开发一种多重数字PCR (dPCR) 试验,用于同时检测四种常见的PIK3CA热点突变.
- 在液体活检中描述和量化这些突变.
- 在检测值和诊断准确性方面评估试验的性能.
主要方法:
- 设计了一种多重试验,用于使用3色dPCR系统检测PIK3CA突变 (p.E542K,p.E545K,p.H1047L,p.H1047R).
- 该试验使用细胞系DNA (库存和预增强) 和来自健康捐赠者和乳腺癌患者的无细胞DNA (cfDNA) 进行了验证.
- 检测极限和诊断准确性是通过将结果与目标下一代测序 (NGS) 进行比较来确定的.
主要成果:
- 多重dPCR测定成功地确定了cfDNA中的所有四个PIK3CA突变,包括双重突变.
- 实现了低检测值:突变拷贝的0.11cp/uL和库存cfDNA中的0.003%VAF.
- 该试验与NGS具有很高的一致性,在93%的患者中证实了PIK3CA突变状态 (82/96突变,11/12野生型).
结论:
- 开发的多重dPCR试验可以准确检测cfDNA中的PIK3CA突变.
- 该试验具有成本效益,并且与单复式dPCR和NGS相比,需要最小的cfDNA输入.
- 这种测试代表了瘤学分子诊断的宝贵工具,特别是指导向治疗决策.
