细菌DNA丰富用于使用高通量测序进行低注射骨折相关感染诊断
David Delarbre1, Philippe Lavrard2, Antoine Elias3
1Division of Internal Medicine and Infectious Diseases, Military Teaching Hospital Sainte-Anne, 2, boulevard Sainte-Anne, BP 600, Cedex 9, 83800, Toulon, France; Aix-Marseille Université, Institut de Recherche pour le Développement (IRD), UMR (VITROME), Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Marseille, France.
两种细菌DNA丰富方法改善了用于传染病诊断的骨样中的细菌/人类DNA比率. 高通量测序 (HTS) 的灵敏度有所变化,表明需要改进诊断方法.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 传染性疾病 传染性疾病
背景情况:
- 宿主DNA的存在是诊断传染病中的元基因组测序的一个主要挑战.
- 丰富方法是必要的,以克服宿主DNA污染,特别是在具有挑战性的骨标本从慢性感染.
研究的目的:
- 为了比较两个细菌DNA丰富协议与骨样本的参考方法的有效性.
- 评估这些方法与Illumina Miseq和牛津纳米孔技术 (ONT) 一起用于高通量测序 (HTS).
主要方法:
- 骨折相关感染的骨样本的预处理.
- 应用两个细菌DNA丰富协议和一个参考协议.
- 使用Illumina Miseq和牛津纳米孔技术 (ONT) 的高通量测序.
主要成果:
- 与参考方法 (p = 0.00012) 相比,这两种丰富协议都显著增加了细菌/人类DNA比率.
- 两种缩方案本身之间没有观察到任何显著差异.
- 高通量测序对培养的灵敏度在21.7%至85%之间.
结论:
- 细菌DNA丰富协议提高了HTS骨样本中的细菌/人类DNA比率.
- 丰富协议的有效性受到使用的特定测序技术 (Illumina Miseq与ONT) 的影响.
- 对HTS协议的进一步改进是必要的,以提高常规传染病诊断的敏感性.
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