对影响先驱因子结合特性的序列特征的系统剖析揭示了FOXA1和AP-1之间的结合协同作用
Cheng Xu1, Holly Kleinschmidt1, Jianyu Yang1
1Department of Biochemistry and Molecular Biology, The Pennsylvania State University, University Park, PA 16802, USA; Center for Eukaryotic Gene Regulation, The Pennsylvania State University, University Park, PA 16802, USA.
像FOXA1这样的先驱因子结合了特定的DNA序列,受到其他转录因子和局部DNA特征的影响,而不仅仅是染色质状态. 这项研究澄清了先驱因子结合特异性的规则.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 先驱因子 (PFs) 可以访问封闭的染色质,但只能绑定它们的基因组目标的一小部分.
- 管理PF绑定选择性的机制在很大程度上是未知的.
研究的目的:
- 调查决定先驱因子FOXA1.1.的结合特异性的序列特征.
- 开发一个框架来理解PF结合的遗传规则.
主要方法:
- 开发一种高通量测定,使用集成合成寡核酸 (ChIP-ISO) 进行染色体免疫沉.
- 整合ChIP-ISO与体外实验和神经网络分析.
- 对影响人类A549细胞中FOXA1结合的序列特征进行系统解剖.
主要成果:
- FOXA1结合受到共同结合的转录因子AP-1和CEBPB的显著影响.
- 在实验室中,FOXA1和AP-1表现出具有约束力的合作性.
- 结合FOXA1主要由局部DNA序列而不是染色质上下文 (euchromatin/heterochromatin) 来决定.
- AP-1有助于在FOXA1结合中的细胞类型特异性差异.
结论:
- 局部序列特征和与其他转录因子的相互作用对FOXA1结合特异性至关重要.
- 阐明了先驱因素约束的特定环境监管机制.
- 这项研究为破解基因规则提供了一个框架,该规则控制了先驱因子结合.
更多相关视频
09:58Mapping the Structure-Function Relationships of Disordered Oncogenic Transcription Factors Using Transcriptomic Analysis
Published on: June 27, 2020
09:52A Chromatin Immunoprecipitation Assay to Identify Novel NFAT2 Target Genes in Chronic Lymphocytic Leukemia
Published on: December 4, 2018
相关概念视频
Combinatorial Gene Control
The expression of more than 30,000 genes is controlled by approximately 2000-3000 transcription factors. This is possible because a single transcription factor can recognize more than one regulatory sequence. The specificity in gene...
Master Transcription Regulators
General Transcription Factors
Cooperative Binding of Transcription Regulators
Co-activators and Co-repressors
RNA Polymerase II Accessory Proteins
