在高活性CRISPR-Cas9图书馆启用的Komagataella phaffii中功能性基因组查
Aida Tafrishi1, Varun Trivedi1, Zenan Xing2
1Chemical and Environmental Engineering, University of California-Riverside, Riverside, CA, 92521, USA.
Metabolic engineering
|July 17, 2024
概括
我们开发了一个完整的CRISPR全基因组sgRNA库,用于Komagataella phaffii,从而实现了精确的功能性遗传选. 该工具识别了生物制药应用和酵母中的代谢工程至关重要的基本基因.
科学领域:
- * 分子生物学 * 分子生物学
- * 酵母遗传学公司
- * 功能性基因组学
背景情况:
- * 酵母 Komagataella phaffii 是生物制药工业和代谢工程中的一个关键宿主.
- *使用CRISPR的高通量全基因组功能丧失屏幕对于功能遗传学和菌株工程至关重要.
- * 需要有效的工具来了解K. phaffii的遗传环境,以优化工业应用.
研究的目的:
- *为K. phaffii设计和验证一个高活性,全基因组的sgRNA库.
- * 为了在K. phaffii. 中实现精确的功能基因组查.
- * 确定K. phaffii中重要的基因,特别是那些与代谢工程相关的基因.
主要方法:
- * 开发一个6倍覆盖的全基因组sgRNA库 (30,848个活跃sgRNA),针对99%以上的K. phaffii编码序列.
- * 进行K. phaffii缺乏功能非同类末端连接 (NHEJ) 的健身选,以验证sgRNA活性.
- *使用葡萄糖作为唯一的碳来源进行生长屏,以识别必要的基因.
主要成果:
- *成功设计和验证了K. phaffii的高度活跃和全面的全基因组CRISPR库.
- *通过在没有NHEJ的情况下进行查来实现sgRNA向活性的实验验证.
- * 在K. phaffii中确定了一组重要的基因核心组,包括参与蛋白质生产,分泌和糖化过程的基因.
结论:
- *开发的CRISPR库显著提高了K. phaffii的功能基因组查能力.
- * 已识别的基本基因为优化K. phaffii生物制药和代谢工程目的提供了有价值的目标.
- * 这种资源有助于未来的基因选和在这个工业上重要的酵母菌中进行菌株工程.
