基于多个数据集的MSS/MSI分类器初级结直肠癌中枢基因和潜在分子机制的识别

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 微卫星不稳定性 (MSI) 表示结直肠癌 (CRC) 患者的预后比微卫星稳定性 (MSS) 瘤更好.
• 了解MSI和MSSCRC之间的分子差异对于开发向疗法至关重要.

研究的目的:

• 使用生物信息学方法识别MSI和MSS初级结直肠癌之间差异表达的分子.
• 通过分析基因表达模式,选潜在的诊断和治疗标.

主要方法:

• 从基因表达综合 (GEO) 数据库下载并分析了两个基因表达数据集 (GSE13294,GSE13067).
• 利用GEO2R进行差异基因表达分析,其次是基因本体学,基因和基因组的京都百科全书 (KEGG) 和基因组丰富分析 (GSEA).
• 构建了一个蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络以识别枢纽基因,这些基因通过基因表达分析 (GEPIA) 进一步分析生存相关性,并在人类蛋白质图谱 (HPA) 中可视化.

主要成果:

• 在MSS和MSI初级结直肠癌中确定了265个常见的差异表达基因 (DEG),在MSS中有178个上调和87个下调.
• 丰富分析揭示了DEGs参与机械刺激反应,细胞应激反应和G蛋白结合受体结合.
• 已经确定了五个枢纽基因 (HNRNPL,RBM39,HNRNPH1,TRA2A,SRSF6). 虽然生存分析显示这些枢纽基因没有显著差异,但RBM39表达在不同结直肠癌阶段有显著差异. 在CRC患者中,蛋白质表达的差异很大.

结论:

• 已确定的枢纽基因,特别是HNRNPH1和RBM39,以及与DEGs相关的结合体途径,提供了新的见解.
• 这些发现可能为未来的MSS/MSI原发性结直肠癌 (PCRC) 的诊断策略和向治疗提供基础.