一只的基因组组合填补了Drosophilidae生命之树中主要的基因组学差距
Bernard Y Kim1, Hannah R Gellert1, Samuel H Church2
1Department of Biology, Stanford University, Stanford, California, United States of America.
PLoS biology
|July 18, 2024
概括
研究人员使用具有成本效益的长读测序生成了179种类动物物种的183个新基因组组. 这扩展了野生物种的基因组数据,推进了类动物系统学和比较基因组学.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 进化生物学 进化生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 长读测序推进了各种物种的基因组组装.
- 之前的工作为实验室培养中的101个多类基因组建立了混合测序方法.
- 在分类型采样中存在偏差,限制了难以在实验室中养的物种的基因组数据.
研究的目的:
- 为了克服实验室培养偏见,通过对野生类动物物种的基因组进行测序.
- 建立一个具有成本效益的方法来测序单个野生.
- 提供一个全面的基因组资源,用于drosophilid系统学,植物遗传学和比较基因组学.
主要方法:
- 在单个野生 (现场采集或博物馆标本) 上使用无放大强化牛津纳米孔 (ONT) 测序.
- 使用Illumina Novaseq X Plus和ONT P2 (R10.4.1化学) 进行混合测序.
- 开发了具有成本效益的方法,每个基因组只需35 ng的DNA就能达到150美元.
主要成果:
- 为179个物种生成了183个新的基因组组合,其中包括来自单个成年的121个.
- 在单飞组件中实现了高连续性 (>1 Mb contig N50),完整性 (>98% BUSCOs) 和精度 (>QV40).
- 构建了360个物种的多部位分类,以及298个物种的全基因组对齐.
结论:
- 这种新方法显著改善了在基因组数据中对研究较少的类动物种群的表征.
- 生成的基因组,系系和对齐作为研究类动物进化的一个开放资源.
- 这种方法为从有限的DNA输入中廉价,高质量的混合基因组组装设定了基准.
