以废水为基础的流行病学监测作为印尼SARS-CoV-2的早期预警系统
Indah Kartika Murni1,2, Vicka Oktaria1,3, David T McCarthy4,5
1Center for Child Health - Pediatric Research Office, Faculty of Medicine, Public Health, and Nursing, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta, Indonesia.
PloS one
|July 18, 2024
概括
基于废水的流行病学有效地监测了印度尼西亚的SARS-CoV-2,作为COVID-19爆发的早期预警系统. 这种方法提前两周就预测了病例数量的上升.
科学领域:
- 环境科学 环境科学
- 公共卫生 公共卫生
- 传染病流行病学 传染病流行病学
背景情况:
- 基于废水的流行病学 (WBE) 为SARS-CoV-2提供了早期预警系统 (EWS) 的潜力,但低收入和中等收入国家 (LMICs) 的数据很少.
- 本研究解决了在LMIC,特别是印度尼西亚的WBE数据的需求.
研究的目的:
- 通过使用各种采样方法,评估WBE在不同印尼环境中检测SARS-CoV-2的能力.
- 为了将WBE发现与临床COVID-19病例数据进行比较.
- 评估WBE作为社区级SARS-CoV-2疫情的EWS的实用性.
主要方法:
- 在三个印度尼西亚地区在三角洲和Omicron波浪期间进行了超过11个月的WBE监测.
- 收集每周/每两周一次的水 (取/被动) 和土壤样本.
- 利用RT-qPCR检测样本中提取的RNA中的SARS-CoV-2基因.
主要成果:
- 分析了1582个样本,废水中的SARS-CoV-2检测率反映了社区病例发生率.
- 检测率达到85% (三角洲) 和94% (俄米克朗) 的峰值,分别降至2%和11%.
- 在废水检测和社区COVID-19病例增加之间观察到一个持续的2周的滞后.
结论:
- 印度尼西亚的WBE监测有效追踪了SARS-CoV-2传播模式.
- 这些发现证实了WBE作为预测COVID-19发病率的有价值的早期预警系统的作用.
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