血液DNA甲基化在COVID-19 (PASC) 后急性后续症:一个前性队列研究
Joseph Balnis1, Andy Madrid2, Lisa A Drake1
1Division of Pulmonary and Critical Care Medicine, Albany Medical Center, Albany, NY, USA; Department of Molecular and Cellular Physiology, Albany Medical College, Albany, NY, USA.
EBioMedicine
|July 18, 2024
概括
血液中的DNA甲基化模式可以识别和评估COVID-19 (PASC) 后急性后遗症的严重程度. 这些表观遗传变化可能涉及昼夜节律路径,为这种长期COVID病症提供潜在的生物标志物.
科学领域:
- 表观遗传学和基因组学
- 传染病和免疫学 传染病和免疫学
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 基因甲基化作为环境因素和基因表达之间的关键中间体.
- 众所周知,COVID-19感染会改变宿主的DNA甲基化特征.
- COVID-19 (PASC) 后急性后续症的表观遗传基础在很大程度上仍未被探索,没有发现普遍的血液生物标志物.
研究的目的:
- 调查外周血液DNA甲基化与PASC的存在和严重程度之间的关联.
- 使用全基因组测序识别PASC的潜在表观遗传生物标志物.
- 探索PASC中DNA甲基化变化的功能影响,包括与生活质量的关联.
主要方法:
- 一项前性队列研究,涉及PASC的参与者,没有PASC的COVID后和健康的对照.
- 周围血液样本的全基因组甲基化测序.
- 对差异甲基化区域 (DMRs) 和位置 (DMPs) 的分析,功能注释和用于严重程度分层的机器学习.
主要成果:
- 确定了39个PASC特定的DMR,区分PASC患者和对照患者.
- 对DMRs的动机分析显示了参与昼夜节律调节的转录因子的丰富.
- 机器学习模型确定了28个与PASC严重程度和生活质量相关的独特DMP.
结论:
- 血液DNA甲基化档案可以有效地识别患有PASC的个体.
- 通过DNA甲基化识别的表观遗传特征可以分层PASC严重性.
- 循环节律相关的途径与PASC中观察到的DNA甲基化变化有关.
