一个基于DDA/DIA-PASEF的混合测试库,用于三阴性乳腺癌的深度蛋白型定型
Petr Lapcik1, Klara Synkova1, Lucia Janacova1
1Department of Biochemistry, Faculty of Science, Masaryk University, Brno, Czech Republic.
Scientific data
|July 18, 2024
概括
研究人员开发了针对三阴性乳腺癌 (TNBC) 的综合性质谱测试库,使得这种侵袭性癌症亚型的蛋白质组覆盖范围更为深入. 这种新的TNBC蛋白质组资源增强了分子表征研究中的蛋白质识别.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 癌症研究 癌症研究
- 质谱测量质量谱测量
背景情况:
- 三阴性乳腺癌 (TNBC) 是一种侵略性的亚型,需要先进的分子表征.
- 现有的TNBC蛋白质组覆盖范围不足以进行全面的分析.
研究的目的:
- 开发和验证一个针对TNBC的全面的有针对性的质谱测试库.
- 为了提高TNBC分子研究的蛋白质组覆盖范围的深度.
主要方法:
- 从105个TNBC组织中提取的蛋白质,并使用LC-MS/MS与数据依赖获取 (DDA) -PASEF进行分析.
- 使用Spectronaut软件生成了一个混合库,涵盖了244,464种前体和11,564种蛋白质组.
- 通过使用 Spectronaut 和 DIA-NN 软件中开发的库进行了 16 个组织的试点定量分析.
主要成果:
- TNBC测试库为这种癌症亚型提供了迄今为止最深的蛋白质组覆盖.
- 与无图书馆方法相比,图书馆的应用显著增加了蛋白质识别数字.
- 光谱飞行员软件取得了卓越的结果,识别了190,310种前体和10,463种蛋白质组.
结论:
- 一个新的测试库为三阴性乳腺癌提供了前所未有的蛋白质组覆盖.
- 该资源有助于改进TNBC的分子表征和定量分析.
- 通过PRIDE存储库 (PXD047793) 将TNBC图书馆提供给公众.
