在Camellia oleifera中Dof基因家族的全基因组识别和分子进化
Chun Fu1,2, YuJie Xiao3,4, Na Jiang5
1Key Laboratory of Sichuan Province for Bamboo Pests Control and Resource Development, Leshan Normal University, No. 778 Binhe Road, Shizhong District, Leshan, Sichuan, 614000, China. fuchun421@aliyun.com.
这项研究在Camellia oleifera基因组中确定了45个具有一指 (Dof) 基因的DNA结合基因,揭示了它们在植物生长和耐压力中的作用. 几种ColDof基因在应对盐和干旱压力时表现出显著的分子功能.
科学领域:
- 植物分子生物学 植物分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 转录因子 转录因子
背景情况:
- 用一根手指 (Dof) 结合的DNA基因家族编码转录因子,对植物生长和发育至关重要.
- 了解像Camellia oleifera这样的经济重要植物中的Dof基因家族对于作物改进至关重要.
研究的目的:
- 在Camellia oleifera (ColDof) 中对Dof基因家族进行全面的全基因组识别和表征.
- 研究ColDof基因在植物生长,发育和对环境压力的反应中的潜在作用.
主要方法:
- 在C. oleifera基因组中全基因组识别Dof基因.
- 生物信息分析包括蛋白质性质预测,cis-acting元素分析,SSR和非编码RNA分析,转录因子结合部位 (TFBS) 预测,对线性,基因分析和蛋白质与蛋白质相互作用分析.
- 在盐 (NaCl) 和干旱 (PEG6000) 压力条件下对C. oleifera种子的转录组分析和qRT-PCR实验.
主要成果:
- 确定了45个ColDof基因,其中的蛋白质预测为非跨膜和非分泌性,主要通过血清酸化起作用.
- 推动者区域包含与光,激素和干旱反应相关的多种不同的cis-acting元素;SSR分析突出了A/T丰富的区域.
- 遗传学分析表明与其他Camellia物种有密切的关系,而转录组和压力实验揭示了特定的ColDof基因 (例如,ColDof1,ColDof2,ColDof14,ColDof36),涉及种子发育和耐压力.
结论:
- 这项研究提供了对C. oleifera. ColDof基因家族的基本理解.
- ColDof基因涉及各种生长和发育过程,并表现出盐和干旱压力耐受性的显著分子机制.
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