OpenTn5:一个开源资源,用于强大的和可扩展的Tn5转移酶净化和表征
Jan Soroczynski1, Lauren J Anderson1, Joanna L Yeung1
1Laboratory of Genome Architecture and Dynamics, The Rockefeller University, New York, NY.
bioRxiv : the preprint server for biology
|July 19, 2024
概括
这项研究介绍了OpenTn5,这是一个开源协议,用于产生超活跃的Tn5转移酶. 这种酶能够有效地对DNA进行标记,用于编排序库的准备,并长期保持活性.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 标记是DNA碎片化和适配器添加在测序库准备中的关键方法.
- 细菌Tn5转化酶是标记的核心,但其高效的生产和应用需要优化.
研究的目的:
- 开发和验证一个开源协议,用于生成多用途,高活性Tn5转化酶 (OpenTn5).
- 在各种基因组学应用中对OpenTn5酶的性能进行基准测试.
主要方法:
- 在大肠杆菌中设计和生产一种高活性Tn5转移酶变体 (pG-Tn5E54K,L372P).
- 在CUT&Tag,批量ATAC-seq和单细胞ATAC-seq试验中对酶的性能进行基准测试.
- 评估净化酶的长期稳定性和活性.
主要成果:
- 通过OpenTn5协议,每升大肠杆菌培养物成功产生了多毫克的活性pG-Tn5蛋白质E54K,L372P.
- 产生的酶在标记反应中表现出高效率,足以用于数千种应用.
- 在储存期间,该酶在一年以上的时间内保持其活性,这表明其稳定性很好.
结论:
- 开放Tn5协议提供了一种可扩展和具有成本效益的方法,用于生产高质量,高活性Tn5转基因酶.
- 这种开源资源有助于广泛采用高效的基于标记的测序库准备方法.
- 由于OpenTn5的强大和稳定性,使其在各种基因组研究中的实用性得到增强,包括CUT&Tag和ATAC-seq.


