量化测量由DNA结合蛋白诱导的拓变化的方法 in vivo 和 in vitro
Monika M A Karney1, Taylor M Gerson1, Michael A Picker1
1The School of Life Sciences, University of Nevada, Las Vegas, Las Vegas, NV, USA.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|July 19, 2024
概括
化凝电泳和补充的体外试验测试捕获了DNA拓变化. 这些方法检测了DNA结合蛋白如何改变DNA超级卷,特别是那些多重化或沿DNA传播的蛋白.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 生物化学 生物化学
- 遗传学 是一个遗传学.
背景情况:
- 超螺旋等离子体DNA存在于拓体的种群中.
- DNA拓对于各种生物过程至关重要,包括复制和转录.
- 结合DNA的蛋白质可以显著改变DNA拓.
研究的目的:
- 描述捕获和测量DNA拓变化的方法.
- 为了研究DNA结合蛋白如何影响DNA超级卷.
- 为了描述蛋白质诱导的DNA拓体分布的变化.
主要方法:
- 在的存在下,阿加洛斯凝电泳以分解DNA拓体.
- 从表达特定蛋白质的细胞中分离出等离子体DNA.
- 试验室试验:拓酶I介导放松试验 (TMRA) 和联酶介导超卷试验 (LMSA).
主要成果:
- 化凝电泳捕捉了由细胞蛋白质生产诱导的等离子体DNA拓体分布的变化.
- TMRA和LMSA在蛋白质-DNA相互作用时捕获过时的DNA超级卷变化.
- 这些方法对于研究多元化或沿DNA传播的蛋白质是有效的.
结论:
- 结合体内和体外方法提供了一种全面的方法来研究DNA拓变化.
- 这些技术对于了解DNA结合蛋白对DNA结构的功能影响有价值.
- 描述的测试有助于表征调节DNA拓的DNA结合蛋白.
