在以电子为基础的自上而下的质谱学中可以观察到内部碎片吗?
Neven N Mikawy1, Carolina Rojas Ramírez2, Steven A DeFiglia3
1Department of Chemistry, University of Michigan, Ann Arbor, Michigan, USA; Department of Pharmaceutical Analytical Chemistry, Faculty of Pharmacy, Ain-Shams University, Cairo, Egypt.
蛋白质质谱中的内部碎片很难通过电子捕获解离 (ECD) 和电子转移解离 (ETD) 来分配. 非典型的条件可能会产生内部碎片和其他离子类型,这表明了替代激活机制.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 分析化学 分析化学
- 生物化学 生化学
背景情况:
- 蛋白质双重质谱法 (MS/MS) 通常产生终端碎片,限制了内部序列覆盖范围.
- 原生自上而下的质谱 (MS) 特别在全面的蛋白质分析中与内部碎片化作斗争.
- 准确注释后翻译修改和序列变异需要通过内部片段来改进序列覆盖.
研究的目的:
- 研究电子捕获解离 (ECD) 和电子转移解离 (ETD) 中的内部碎片形成.
- 在各种质谱条件下评估内部碎片分配的可靠性.
- 探索激活策略对内部碎片生成的影响,并确定非典型的碎片化模式.
主要方法:
- 在四个实验室的四极飞行时间,Orbitrap和FT-ICR质谱仪上进行了实验.
- 在超高真空和ETD可比的压力条件下进行的电子捕获解离 (ECD).
- 使用两个互补的软件包进行分析,使用ETD高能碰撞解离MS3进行验证.
主要成果:
- 在典型的ECD和ETD条件下,无法确定内部碎片的分配.
- 非典型的ECD条件产生了内部碎片和终端b型碎片,表明不同的离子电子激活过程.
- 非典型的条件和ETD高能碰撞解离 (EThcD) 揭示了不寻常的碎片离子类型,如x离子,可能来自激进的z型离子振动激活.
结论:
- 标准的ECD和ETD不足以在蛋白质MS/MS中可靠地进行内部碎片分配.
- 修改或非典型的ECD条件可以产生内部碎片和新型离子类型,这表明了替代的碎片化途径.
- 对这些非典型状况的进一步研究可能会提高蛋白质序列覆盖率和变异分析.
更多相关视频
09:30Analyzing Dynamic Protein Complexes Assembled On and Released From Biolayer Interferometry Biosensor Using Mass Spectrometry and Electron Microscopy
Published on: August 6, 2018
13:06Visualization of miniSOG Tagged DNA Repair Proteins in Combination with Electron Spectroscopic Imaging ESI
Published on: September 24, 2015
相关概念视频
Mass Spectrometry: Molecular Fragmentation Overview
One type of fragmentation pattern is the cleavage of a single bond in the molecular ion. The cleavage leads to a radical and a cation. The cleavage can...
Mass Spectrometers
Mass Spectrometry: Overview
Mass Spectrometry: Carboxylic Acid, Ester, and Amide Fragmentation
For example,...
Mass Analyzers: Overview
Mass Spectrometry: Complex Analysis
GC–MS is a powerful hyphenated method commonly used in forensics and environmental...
