通过生物信息学识别与死相关的基因,通过生物信息学和实验验证
Pengfei Wen1, Yan Zhao2, Mingyi Yang1
1Department of Joint Surgery, Honghui Hospital, Xi'an Jiaotong University, Shaanxi, China.
Journal of cellular and molecular medicine
|July 20, 2024
概括
与亡相关的基因FASLG和TARDBP被确定为结性脊髓炎 (AS) 发病过程中的关键参与者. 它们的改变表达会影响免疫细胞的透,为AS提供潜在的治疗点.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 结性脊柱炎 (AS) 的确切病原体尚不完全理解.
- 细胞死亡的调节形式 - - 亡已与其他自身免疫性疾病有关.
- 在AS病变发生过程中死细胞的作用以前没有被研究过.
研究的目的:
- 为了研究死和结性脊柱炎 (AS) 之间的关系.
- 为了确定关键的亡相关基因 (DENRGs) 参与AS的发病.
- 探索已识别的基因的诊断潜力及其与AS免疫细胞透的关联.
主要方法:
- 利用基因表达综合数据库对AS患者和健康对照人群之间的基因表达分析进行比较.
- 应用机器学习算法 (LASSO,SVM-RFE,随机森林) 来识别中心基因.
- 使用外部数据集,细胞实验和接收器运行特征 (ROC) 曲线分析进行诊断特异性和灵敏度的验证结果.
主要成果:
- 在AS患者中鉴定了18个不同表达的亡相关基因 (DENRGs),其中8个是上调的,10个是下调的.
- 确定了FASLG (下调) 和TARDBP (上调) 作为关键的枢纽基因,具有AS的高诊断准确性.
- 观察到与FASLG和TARDBP表达水平相关的独特免疫细胞透模式,表明它们在调节免疫微环境中的作用.
结论:
- FASLG和TARDBP与结性脊髓炎 (AS) 病变发生有显著的关联.
- 这些基因可能通过调节免疫细胞透和信号通路来影响AS的发展.
- FASLG和TARDBP代表了结性脊髓炎的潜在新生物标志物和治疗点.
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