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Updated: Jun 20, 2025
10:36
Rare Event Detection Using Error-corrected DNA and RNA Sequencing
Published on: August 3, 2018
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基于独特分子标识符的微哈普洛型的安普利康测序,用于缓解背景噪声
Ye-Lim Kwon1, Kyoung-Jin Shin1
1Department of Forensic Medicine, Yonsei University College of Medicine, Seoul 03722, Republic of Korea; Department of Forensic Medicine, Graduate School of Medical Science, Brain Korea 21 Project, Yonsei University College of Medicine, Seoul 03722, Republic of Korea.
Forensic science international. Genetics
|July 20, 2024
概括
这项研究介绍了MH-UMIseq,这是一种使用独特分子标识符 (UMI) 的新系统,可以显著减少微哈普类型 (MH) 大规模并行测序 (MPS) 的背景噪声. MH-UMIseq通过提高MHS的检测极限来增强法医标记分析,特别是更高的DNA输入量.
科学领域:
- 法医遗传学 法医遗传学
- 分子生物学分子生物学
- 下一代测序技术的新一代技术
背景情况:
- 微型 (MHs) 是有价值的法医标记,因为它们的高多态性.
- 大规模并行测序 (MPS) 广泛用于 MH 分析,但背景噪声限制了检测.
- 独特的分子标识符 (UMI) 有效地减轻了测序和PCR错误.
研究的目的:
- 设计和评估一个基于UMI的片序列系统 (MH-UMIseq),用于同时放大46 MHs.
- 评估MH-UMIseq在减少各种输入DNA数量的背景噪声方面的表现.
- 确定UMI技术对法医应用中MH分析的分辨率的影响.
主要方法:
- 开发MH-UMIseq的四步图书馆准备协议:条码PCR,核酶反应,增强PCR和索引PCR.
- 使用Illumina NextSeq 550和MiniSeq使用31组和不同的DNA输入 (5 ng,1 ng,200 pg) 的性能评估.
- 使用fgbio,STRait Razor 3.0和视觉微型图形对UMI数据的分析.
主要成果:
- MH-UMIseq在很大程度上抑制了背景噪声,达到0.1% (5 ng),0.3% (1 ng) 和0.7% (200 pg) 的平均非抑制噪声比例.
- 背景噪声降低在较高的DNA输入量 (≥1 ng) 时更有效.
- UMI家族的数量与DNA拷贝数和系统分辨率相关,这表明随着DNA输入的增加,性能得到了改善.
结论:
- MH-UMIseq有效地减轻了微型haplotype大规模并行测序中的背景噪声.
- 与传统的MPS相比,该系统显示出更高的分辨率,用于解具有≥1 ngDNA的复杂混合物.
- MH-UMIseq为法医遗传分析提供了一个有前途的进步,提高了微哈普型特征分析的可靠性和敏感性.
