患有心肌病的患者内心肌瘤活检中增加了人类内源性逆转录病毒K的表达 - - 转录组学元分析
Markus B Heckmann1,2,3, Daniel Finke4,5, Leander Sauerbrey4
1Department for Cardiology, Angiology, and Pneumology, Heidelberg University Hospital, Heidelberg, Germany. markus.heckmann@med.uni-heidelberg.de.
研究了心脏活检中的病毒基因表达. 人体内源性逆转录病毒K表达在扩大心肌病患者显著增加,与线粒体路径改变有关.
科学领域:
- 心脏病学 心脏病学
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 心肌活检转录分析通常集中在人类基因上.
- 持续性病毒基因表达在心脏组织中的作用和影响在很大程度上是未知的.
研究的目的:
- 通过使用RNA测序数据,研究心肌组织内的病毒基因表达.
- 在患有各种心肌病的患者中识别特定的病毒及其表达水平.
主要方法:
- 选NCBI Bioproject库用于从内心肌活检 (n=507) 获取大量RNA测序数据.
- 将未映射的序列映射到一个全面的病毒基因组数据库中.
- 分析了病毒序列,包括人类内源逆转录病毒K (HERV-K).
主要成果:
- 检测了68种不同的,潜在的致病病毒的序列.
- 在扩张性心肌病 (DCM) 中没有发现心脏型病毒的增加.
- 在DCM患者中显著增加了人类内源逆转录病毒K (HERV-K) 的表达 (q < 0.0003).
- HERV-K表达与线粒体氧化酸化途径增加相关 (p < 0.0001).
结论:
- 人体内源性逆转录病毒K表达在扩张性心肌病症中升高.
- 增加HERV-K表达与细胞通路的显著转录性变化有关,特别是线粒体功能.
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