一个现实世界的多中心RNA-seq基准测试研究,使用四方和MAQC参考材料.
Duo Wang1,2,3, Yaqing Liu4, Yuanfeng Zhang1,2,3
1National Center for Clinical Laboratories, Institute of Geriatric Medicine, Chinese Academy of Medical Sciences, Beijing Hospital/National Center of Gerontology, Beijing, PR China.
Nature communications
|July 22, 2024
概括
确保RNA测序 (RNA-seq) 的可靠性对于临床诊断至关重要. 这项研究揭示了检测微妙基因表达差异的实验室间显著变异,突出了实验和生物信息学因素的影响.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 临床诊断 临床诊断 临床诊断
背景情况:
- 将RNA测序 (RNA-seq) 转化为临床诊断需要可靠和一致地检测微妙的差异性基因表达.
- 实验室间的可变性对临床RNA-seq应用构成重大挑战,特别是用于区分疾病亚型或阶段.
研究的目的:
- 用参考样本在多个实验室对RNA-seq性能进行基准测试.
- 系统地评估现实世界RNA-seq性能,并确定影响基因表达检测的因素.
- 为改善临床环境中的RNA-seq可靠性提供建议.
主要方法:
- 进行了一项涉及45个实验室的多实验室RNA-seq基准研究.
- 使用的四重奏和MAQC参考样本加上外部RNA控制联盟 (ERCC) 的控制.
- 研究了26个实验过程和140个生物信息学管道对基因表达分析的影响.
主要成果:
- 在检测微妙差异性基因表达的过程中观察到实验室间显著的变异.
- 确定了mRNA丰富方法,滞留性和特定的生物信息学步骤作为变异的主要来源.
- 证明了实验执行对RNA-seq数据一致性的重大影响.
结论:
- 实验协议和生物信息学管道的标准化对于临床RNA-seq.至关重要.
- 为实验设计,基因过,注释和分析提供最佳实践建议.
- 这项研究为开发和质量控制基于RNA-seq的临床诊断奠定了基础.


