一个新的高通量qPCR芯片用于解决RAS养殖彩虹鱼的共同感染

科学领域:

• 水生动物的健康状况.
• 微生物学 微生物学
• 水产养殖科学 水产养殖科学

背景情况:

• 再循环水产养殖系统 (RAS) 提供了环境效益,但由于产量加剧和病原体的引入,增加了疾病风险.
• 传统的传统的传统的传统
• 疾病模型对RAS不足,其中涉及无法培养的病原体的复杂共感染是常见的.
• 游泳池甲状病毒基因型3 (PRV-3) 导致显著的病理和死亡率,通常与其他病原体结合.

研究的目的:

• 开发一种高通量方法,用于检测水产养殖中的多种病毒和细菌病原体和假定病原体.
• 在商业RAS养殖场调查彩虹鱼的病理生物组.
• 评估一种新型检测方法在水产养殖中对疾病监测和预测的有用性.

主要方法:

• 在商业RAS中使用标准诊断和16SrRNA元编码进行彩虹鱼的病原生物组分析.
• 开发和验证一个高通量定量PCR (HT-qPCR) 芯片,针对22种病原体.
• 在商业RAS养殖场使用开发的HT-qPCR芯片对鱼群的监测.

主要成果:

• 该试点研究确定了多种病原体和假定病原体,包括Candidatus Branchiomonas cysticola和Candidatus Piscichlamydia salmonis.
• 在商业RAS生产环境中,HT-qPCR芯片成功检测到病毒和细菌点.
• 一次严重的疾病爆发,死亡率为37%,可能由与PRV-3和Ca.同时感染解释. 在压力管理条件下B.cysticola.

结论:

• 一种新的HT-qPCR方法可以同时检测RAS中的多种鱼类病原体.
• 同时感染,如PRV-3和Ca. 结合管理压力,B. cysticola可能导致严重的疾病爆发.
• 该方法为未来的水产养殖疾病预测和查计划提供了基础,同时承认环境DNA/RNA测试的局限性.