优化人体便样本采集用于多原子微生物群分析
Matthew R Gemmell1, Thisun Jayawardana2, Sabrina Koentgen2
1Centre for Genomic Research, University of Liverpool, Liverpool, UK.
Scientific reports
|July 22, 2024
概括
保存便样本对于肠道微生物组研究至关重要. PSP和RNAlater缓冲器最好保持微生物和代谢概况,与冷样本密切匹配,用于准确的微生物组研究.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 准确的肠道微生物群分析需要保持便样本的完整性.
- 自我收集和变量处理在微生物组研究中带来了挑战.
- 微生物群落的组成和代谢功能是健康和疾病的关键指标.
研究的目的:
- 评估不同便样本采集/保存缓冲器的有效性.
- 评估储存温度和时间对样本完整性的影响.
- 为微生物组研究确定保存人类便样本的最佳方法.
主要方法:
- 测试了三个便样本采集/保存缓冲器.
- 在室温 (20°C),4°C和-80°C下保存样品,最长可达三天.
- 将16S rRNA测序和短链脂肪酸概况与立即冷的样本进行比较.
主要成果:
- 缓冲区的选择显著影响了微生物群落和新陈代谢特征.
- 与冷样本相比,PSP和RNAlater缓冲器最准确地保存了微生物多样性.
- 储存温度和持续时间影响了样本的完整性,但缓冲区的选择至关重要.
结论:
- 对于人类便微生物组研究,建议使用PSP和RNAlater缓冲器.
- 这些缓冲器确保在微生物群落和代谢资料中保持最高的保真度.
- 优先考虑这些保存方法可以提高肠道微生物组研究的可靠性.
