随着SomaLogic和Olink的覆盖范围扩大,等离子体蛋白质组比较发生了变化
Mary R Rooney1, Jingsha Chen1, Christie M Ballantyne2
1Department of Epidemiology and Welch Center for Prevention, Epidemiology, & Clinical Research; Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health; Baltimore, Maryland, United States.
medRxiv : the preprint server for health sciences
|July 23, 2024
概括
高复合蛋白质原子平台 SomaScan 11k 和 Olink Explore HT 的精度不同. SomaScan 11k提供了高可重现性,而Olink Explore HT的精度随着测试的增加而下降,影响了蛋白质检测.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 生物技术是生物技术.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 高复合蛋白质基平台已经显著扩展,以阿普坦基 (SomaScan) 和抗体基 (Olink) 技术显示不同的性能特征.
- 之前的研究表明,相比于Olink,SomaScan的精度更高,特别是在变化系数 (CV) 方面.
研究的目的:
- 评估和比较领先的蛋白质组平台的最新版本的精度和可重复性:SomaScan 11k和Olink Explore HT.
- 评估这些平台上的测试数量增加后,测试性能如何变化.
主要方法:
- 使用了来自102名社区动脉样硬化风险研究 (ARIC) 参与者的分割血样本.
- 通过计算中位变化系数 (CV) 来评估SomaScan 11k (>11,000个测试) 和Olink Explore HT (>5,400个测试) 的可重复性.
- 分析了重叠测试之间的相关性和CV和蛋白质检测能力 (检测极限) 之间的关系.
主要成果:
- 索玛Scan 11k表现出高精度,CV中位数为6.8%,与之前的版本相似.
- 与之前的版本相比,Olink Explore HT的精度显著下降,CV中位数为35.7%.
- 奥林克CV与蛋白质检测能力有很强的相关性,重叠试验的平台之间的相关性是双模的,表明平台分歧.
结论:
- 索马Scan 11k的精度仍然很高,这表明随着检测数量的增加,其性能保持一致.
- 奥林克探索HT的精度随着其测量能力的扩大而显著分歧和下降.
- 这些发现突出了人类等离子体大规模研究的领先蛋白质组平台的可扩展性和可靠性的关键差异.
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