废水的RBD幅测序揭示了变种出现和演变的模式
Xingwen Chen1,2, John Balliew3, Cici X Bauer1,2
1School of Public Health, University of Texas Health Science Center at Houston, TX, USA.
medRxiv : the preprint server for health sciences
|July 23, 2024
概括
废水测序有效跟踪SARS-CoV-2变种,早期检测新菌株并识别疫情. 这种方法增强了对病毒演变和准备的公共卫生监测.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 病毒学 病毒学
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- SARS-CoV-2 持续演变,产生了挑战公共卫生监测的变种.
- 临床基因组测序提供了有价值的数据,但在反映全人口变异动态方面存在局限性.
研究的目的:
- 用废水监测来监测德克萨斯州埃尔帕索的SARS-CoV-2社区动态和演变.
- 评估废水中受体结合域 (RBD) 片序列的实用性,以追踪病毒的出现和流行病学趋势.
主要方法:
- 在 17 个月内收集的废水样本上使用了 RBD amplicon 测序.
- 分析了变种的流行,多样性和时间动态.
- 将废水数据与多个级别的临床基因组测序数据进行比较.
主要成果:
- 确定了91种SARS-CoV-2变种,观察了从BA.2到XBB.1.5.5的过渡.
- 证明了早期的变种检测和未报告的疫情的识别.
- 在废水和临床测序数据之间显示出高度一致性.
- 观察到阿尔法多样性的显著周期性变化,在冬季和滞后阶段达到峰值.
结论:
- 基于废水的RBD安普利康测序是有效的跟踪病毒演变和变种的出现.
- 这种方法通过提供及时的流行病学见解来提高公共卫生准备.
- 低传播时间可能会促进快速突变和变种演变.


