ADTnorm:在CITE-seq数据集中强有力的整合单细胞蛋白质测量
Ye Zheng1,2, Daniel P Caron3, Ju Yeong Kim2
1Basic Science Division, Fred Hutchinson Cancer Center, Seattle, WA 98109, USA.
Research square
|July 23, 2024
概括
ADTnorm是一种用于规范化单细胞CITE-seq数据的新方法,可以改善蛋白质检测和细胞类型识别. 它有效地消除了批量效应,使各种数据集能够集成,从而获得更广泛的生物学见解.
科学领域:
- 单细胞多组组学分析
- 免疫基因组学是什么
- 计算生物学是一种计算生物学.
背景情况:
- 在单细胞中,CITE-seq (转录体和表皮体序列的细胞索引) 测量了单细胞中的表面蛋白和mRNA表达.
- 来自CITE-seq的抗体衍生标签 (ADT) 提供了强大的表面蛋白质检测,增强了细胞类型识别.
- 抗体染色的变化导致ADT表达中的批量效应,阻碍了数据解释和交叉研究比较.
研究的目的:
- 引入ADTnorm,一种专门针对CITE-seq数据中的抗体衍生标签 (ADT) 丰度而设计的新型规范化和整合方法.
- 在CITE-seq实验中解决和减轻由抗体染色变异引起的批量效应.
- 提高细胞类型识别的准确性,并使各种CITE-seq数据集的整合成为可能.
主要方法:
- ADTnorm被开发为一种用于ADT丰度的规范化和整合方法.
- 该方法与使用13个公共CITE-seq数据集的14种现有缩放和规范化技术进行了基准测试.
- 基于细胞群的调整,技术变异的消除和细胞类型分离的改善来评估性能.
主要成果:
- 在多个数据集中,ADTnorm在调整具有不同表面蛋白表达水平的细胞群中表现出卓越的性能.
- 该方法有效地消除了不同批次的技术差异,提高了ADT表达数据的一致性.
- ADTnorm增强了细胞类型的分离,并促进了公共CITE-seq数据集与各种实验设计的集成.
结论:
- ADTnorm提供了一种有效的解决方案,用于规范化和整合CITE-seq ADT数据,克服批量效应并改善生物信号.
- 该方法支持亚特拉斯级分析,允许整合异构的公共数据集.
- ADTnorm包括用于自动值测定和抗体质量评估的实用程序,有助于实验优化和新生物标志物的发现,如COVID-19数据集所示.
