对不同表达的人类基因,微RNA和长非编码RNA在严重,症状和无症状疟疾感染中的转录组分析
Mary A Oboh1, Olanrewaju B Morenikeji2, Olusola Ojurongbe3
1Department of Biomedical Sciences, Rochester Institute of Technology, 153 Lomb Memorial Drive, Rochester, NY, 14623, USA.
Scientific reports
|July 23, 2024
概括
这项研究揭示了独特的microRNAs (miRNAs) 和长非编码RNAs (lncRNAs),它们调节了疟疾中的宿主免疫基因. 这些监管要素显示出诊断疟疾严重程度的潜力.
科学领域:
- 基因组学和分子生物学
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 传染性疾病 传染性疾病
背景情况:
- 疟疾不成比例地影响着非洲,由复杂的Plasmodium falciparum (Pf) 生命周期驱动,影响宿主-病原体相互作用.
- 了解Pf对宿主基因的调节对于开发新的疟疾控制策略至关重要.
- 控制免疫基因表达的调控元素 (RE) 是疾病监测,诊断和治疗的关键.
研究的目的:
- 在不同疟疾临床结果的个体中识别差异表达基因 (DEG) 和非编码RNA.
- 阐明参与宿主免疫反应的非编码RNA和基因之间的网络相互作用.
- 发现疟疾严重程度的潜在诊断生物标志物.
主要方法:
- 通过RNA测序 (RNAseq) 分析了来自严重,有症状,无症状疟疾患者的107个数据集,以及未感染的对照组.
- 对差异表达基因 (DEG),微RNA (miRNA) 和长非编码RNA (lncRNA) 的识别和网络分析.
- 相互作用组分析以绘制DEGs和miRNAs之间的关系.
主要成果:
- 确定了5534个DEG,严重/症状性疟疾病例显示出免疫基因的最高上调.
- 发现了141种不同表达的miRNA (78种上调,63种下调) 和608种不同表达的lncRNA.
- 发现了五种独特的miRNAs (hsa-mir-32, hsa-mir-25, hsa-mir-221, hsa-mir-29, hsa-mir-148) 具有显著的基因连接性,包括hsa-mir-221与16个基因相关.
结论:
- 主体免疫基因表达与疟疾临床状态有很大差异.
- 已发现的特定miRNAs和lncRNAs调节了疟疾中的免疫基因表达.
- 这些监管要素有可能作为诊断标记来区分疟疾严重程度,等待临床验证.
