对癌细胞系和组织RNA测序数据的分析揭示了一种基本的和黑暗的母体体

科学领域:

• 生物医学研究生物医学研究
• 细胞生物学 细胞生物学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 细胞外矩阵 (ECM) 改造对于组织发育,平衡和疾病至关重要.
• 细胞培养模型,特别是不朽化/癌细胞系,是研究ECM重塑的重要工具.
• 了解细胞系中的母体体基因表达对于选择适当的模型进行假设测试至关重要.

研究的目的:

• 为了评估母体细胞基因在人类癌症细胞系的大队伍中的表达.
• 将细胞系中的母体体基因表达与相应的组织数据进行比较.
• 确定研究人员在矩阵生物学中使用细胞系的关键考虑因素.

主要方法:

• 分析了来自癌症细胞系百科全书 (CCLE) 的大量RNA测序数据.
• 在1019个人类细胞系中量化了母体体基因表达.
• 通过比较来自基因型-组织表达 (GTEx) 门户和癌症基因组图谱 (TCGA) 的大量RNA测序数据来验证这些发现.

主要成果:

• 大约10%的母体基因在任何测试的人类癌症细胞系中都没有表达超过值.
• 基本/常见的母体基因集群在细胞系中得到丰富的表达.
• 细胞系和组织数据之间观察到普遍一致,发现了59个不一致的母体基因.

结论:

• 在人类癌症细胞系中,母体体的很大一部分表现不佳.
• 组织中必不可少的母体基因通常在细胞系中最小地表达,突出显示了潜在的限制.
• 研究人员必须仔细考虑母体体的细胞系表征,以便进行准确的矩阵生物学调查.