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Updated: Jun 19, 2025
08:39
Quantification of Circular RNAs Using Digital Droplet PCR
Published on: September 16, 2022
3.5K
人类和病毒循环RNA的成像和量化
Dabbu Kumar Jaijyan1,2, Shaomin Yang3,4, Santhamani Ramasamy5
1Department of Microbiology and Molecular Genetics, New Jersey Medical School, Rutgers University, 225 Warren Street, Newark, NJ 070101, USA.
Nucleic acids research
|July 25, 2024
概括
我们开发了放大光 in situ 杂交 (ampFISH) 技术,用于精确检测和量化细胞中循环RNA (circRNAs). 这种方法在人类和病毒样本中区分circRNA和线性RNA.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 遗传学 是一个
- 病毒学 病毒学
背景情况:
- 循环RNAs (circRNAs) 在基因调节中起着至关重要的作用,但难以检测和量化.
- 现有的方法往往缺乏特异性或敏感性来区分circRNAs和线性RNAs.
- 准确检测病毒circRNAs对于理解病毒病原体至关重要.
研究的目的:
- 开发和验证一个强大的方法用于细胞检测,成像和量化circRNAs.
- 要区分人类和病毒的circRNA及其线性对应物.
- 为了使单细胞内的circRNAs和线性RNAs同时可视化和量化.
主要方法:
- 使用放大光 in situ 杂交 (ampFISH) 结合单分子 FISH (smFISH).
- 采用头探测器,启动依赖目标的杂化连锁反应 (HCR) 进行信号放大.
- 进行了包括RNase R处理,探针不匹配分析和负链探针在内的特异性测试.
主要成果:
- 在单个细胞中成功检测和成像人类和病毒circRNAs (SARS-CoV-2,HCMV).
- 使用计算图像处理实现了circRNA分子的准确量化.
- 证明了ampFISH对circRNAs的高特异性,经过严格的验证实验证实.
结论:
- 开发的ampFISH技术为细胞和病毒环境中的circRNA分析提供了一个敏感和特定的工具.
- 该方法允许在单分子分辨率下同时检测circRNA及其线性对应物.
- 能够进一步调查circRNA生物发生,局部化和功能.
