改善葡萄藤病毒诊断:对三种dsRNA丰富方法进行比较分析,用于高通量测序
Michael E Rott1, Kankana Ghoshal1, Sylvain Lerat2
1Canadian Food Inspection Agency, Centre for Plant Health, Sidney Laboratory, 8801 East Saanich Rd, North Saanich, British Columbia V8L 1H3, Canada.
Journal of virological methods
|July 26, 2024
概括
这项研究比较了使用高通量测序 (HTS) 检测病毒的三种双链RNA (dsRNA) 丰富方法. ReliaPrepTM树脂方法为HTS应用提供了最具成本效益和一致的dsRNA丰富方法.
科学领域:
- 植物病理学 植物病理学
- 分子生物学分子生物学
- 病毒学 病毒学
背景情况:
- 双链RNA (dsRNA) 提取对于检测RNA病毒,病毒和一些DNA病毒至关重要.
- 高通量测序 (HTS) 与dsRNA丰富相结合,可实现广泛的病毒检测.
- 现有的dsRNA丰富策略包括纤维素结合,抗dsRNA抗体和病毒蛋白亲和力.
研究的目的:
- 通过HTS.比较评估三种dSRNA丰富方法,用于通过HTS.检测病毒和病毒.
- 评估抗体,结合蛋白和基于树脂的dsRNA丰富技术的效率和适用性.
- 为了确定葡萄藤病毒诊断的最佳dsRNA丰富方法.
主要方法:
- 对三种dsRNA丰富方法的比较分析:抗dsRNA抗体 (mAb rJ2),B2 dsRNA结合蛋白和ReliaPrepTM树脂.
- 这些方法应用于病毒感染和健康的葡萄藤试验植物.
- 高通量测序 (HTS) 用于分析丰富的dsRNA提取物.
主要成果:
- 这三种dsRNA丰富工作流都是可比的,主要是净化步骤的变化.
- 与mAb rJ2抗体相比,B2结合蛋白方法产生了36倍的dsRNA丰富度增加,而ReliaPrepTM树脂则实现了163倍的增加.
- 纤维素树脂和结合蛋白方法都产生了适合HTS的高度丰富的dsRNA.
结论:
- 该ReliaPrepTM树脂方法证明了卓越的dsRNA丰富效率和成本效益.
- 一致性和自动化潜力使得ReliaPrepTM树脂方法成为未来半自动化工作流程的理想选择.
- 这项研究为在植物病毒学中选择最佳的dsRNA丰富策略提供了宝贵的见解.
