使用全基因组和机器学习分析,描述沙门氏菌在不同零售供应模式中的流行情况
Junhao Peng1, Renhang Xiao1, Canji Wu1
1National and Regional Joint Engineering Laboratory for Medicament of Zoonoses Prevention and Control; Key Laboratory of Zoonoses, Ministry of Agriculture; Key Laboratory of Zoonoses Prevention and Control of Guangdong Province; Animal Infectious Diseases Laboratory, College of Veterinary Medicine, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China.
Food research international (Ottawa, Ont.)
|July 26, 2024
概括
活禽的沙门氏菌污染率更高,而冷的肉由于多药耐药菌株而带来更大的风险. 加强监测和改善储存对于食品安全至关重要.
科学领域:
- 食品传播病原体研究 食品传播病原体研究
- 微生物学 微生物学
- 基因组流行病学 基因组流行病学
背景情况:
- 沙门氏菌是一种重要的食源性病原体,零售肉被确定为人类沙门氏菌的主要来源.
- 了解不同零售肉供应链中的沙门氏菌患病率和特征对于公共卫生风险评估至关重要.
研究的目的:
- 调查沙门氏菌在活禽,冷和冷零售肉供应模式中的流行,血清型分布,抗生素耐药性和基因组特征.
- 通过全基因组测序 (WGS) 和机器学习 (ML) 来识别区分沙门氏菌菌株和各种供应链的关键遗传标记.
主要方法:
- 采用全基因组测序 (WGS) 和机器学习 (ML) 来分析广州480个零售样本中的253个沙门氏菌分离物,分别采用了三种供应方式 (活,冷,冷).
- 进行了患病率,血清型分布,抗生素耐药性分析,抗生素耐药性基因分析和使用单核酸多态 (SNP) 的基因分析.
主要成果:
- 沙门氏菌的流行率在活禽中最高 (67.5%),其次是冷 (50.0%) 和冷 (43.3%). 冷的肉分离体呈现出明显更高的多药耐药性 (MDR) 率 (91.8%) 和更丰富的抗生素耐药性基因.
- 在每个模式中都存在特定的血清型 (例如,冷和冷中的S. Enteritidis,活禽中的S. Agona). 在冷分离物中发现了抗卡巴因的基因 (blaNDM-1,blaNDM-9).
- ML分析发现了不同的遗传标记:冷分离物中的narZ (无氧生长) 和活禽分离物中的ydgJ (氧化功能). 冷中的S. Enteritidis菌株与来自农场,屠宰场和医院的菌株呈现同样性.
结论:
- 活禽供应模式显示沙门氏菌的流行率很高,而冷模式由于多种耐药菌株和潜在的广泛污染而带来重大风险.
- 调查结果强调需要加强消毒和冷链管理,以减轻零售肉中的沙门氏菌风险.
- 使用WGS的持续监测和流行病学监测系统的发展对于有效控制食源性病原体至关重要.
