在中对与 SARS-CoV-2 主蛋白酶相互作用的 Ivermectin 和 Nirmatrelvir 抑制剂进行比较分析
Yuri Alves de Oliveira Só1, Katyanna Sales Bezerra2, Ricardo Gargano1
1Institute of Physics, University of Brasília, Brasília 70910-900, Brazil.
Biomolecules
|July 27, 2024
概括
尼尔马特雷尔维尔和伊弗梅克丁表现出与SARS-CoV-2主要蛋白酶 (Mpro) 具有明显的结合模式. 这两种药物都稳定了Mpro酶,为抗击COVID-19提供了潜在的治疗策略,而Ivermectin表明了持续的相互作用.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 计算生物学 计算生物学
- 药理学 药理学是指药理学的学科.
背景情况:
- 由于COVID-19的流行,需要针对SARS-CoV-2的新型治疗策略.
- 尼尔马特里尔维尔是SARS-CoV-2主要蛋白酶 (Mpro) 的强有力的抑制剂.
- 抗寄生虫药Ivermectin在实验室中已经显示出对SARS-CoV-2的疗效,但临床相关性仍有争议.
研究的目的:
- 通过计算方法研究尼尔马特雷尔维尔和伊弗梅克丁与SARS-CoV-2 Mpro的结合相互作用.
- 阐明这些化合物的抗病毒潜力的基础分子机制.
主要方法:
- 采用了分子对接和100 ns分子动力学模拟.
- 密度函数理论计算被用来分析分子行为.
- 计算了根的平方平均偏差 (RMSD) 来评估结合的稳定性.
主要成果:
- 尼马特里尔维尔与关键氨基酸 (MET49,MET165,HIS41,HIS163,HIS164,PHE140,CYS145,GLU166,ASN142) 和稳定结合 (RMSD ~2.0 Å) 具有强烈的相互作用.
- 艾弗梅克丁与THR237,THR239,LEU271,LEU272和LEU287相互作用,显示了持久的相互作用 (RMSD 1.87 Å).
- 这两种连接体都稳定了Mpro,而Ivermectin尽管有较少的键,但仍表现出持久的相互作用.
结论:
- 尼尔马特雷尔维尔和伊弗梅克丁与SARS-CoV-2 Mpro. 具有独特的结合性.
- 这两种药物都有助于稳定Mpro酶.
- 这些发现为开发新的COVID-19治疗方法提供了宝贵的见解.


