转化酶辅助的RNA/DNA混合共分离用于食物传播病毒的目标元病毒组
Danlei Liu1,2,3, Zilei Zhang4, Zhiyi Wang2
1Shanghai-MOST Key Laboratory of Health and Disease Genomics, Shanghai Institute for Biomedical and Pharmaceutical Technologies, Fudan University, Shanghai 200023, China.
Viruses
|July 27, 2024
概括
一种新的TRACE-seq方法提高了食品传播病毒的检测和发现. 这种方法改善了病毒基因组的恢复,并识别了共感染,为公共卫生监测提供了一个强大的工具.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- 食物传播疾病给全球健康带来了重大挑战.
- 甲基因组学对于识别食物传播病原体变得越来越重要.
- 现有的方法需要优化,以便全面检测病毒.
研究的目的:
- 更新和验证TRACE-seq方法,以改善食品传播病毒检测.
- 为了使未知的病毒病原体与已知的病毒病原体一起被发现.
- 评估TRACE-seq作为病毒监测标准RNA-seq的优越替代方案.
主要方法:
- 使用更新的TN5转化酶辅助RNA/DNA混合共分段 (TRACE) 库构建.
- 用于增强反转录的特定和橄-T原料.
- 用临床样本验证了该方法,并与标准RNA-seq.进行了比较.
主要成果:
- 在大多数细分部分实现了高质量,几乎完全的病毒基因组恢复 (>95%).
- 观察到高的平均覆盖深度 (21,494.53×),表明了强大的测序.
- 确定的病毒共感染,包括诺罗病毒与天体病毒和人类贝塔赫尔佩斯病毒6B.
- 证明TRACE-seq比标准RNA-seq的病毒读数百分比优越.
结论:
- 更新的TRACE-seq方法显著提高了食品传播病毒的检测和全基因组测序.
- 这种方法扩大了病原体的目标范围,不仅仅是诺罗病毒,还包括了其他普遍存在的食物传播病毒.
- TRACE-seq为有效的食品传播病毒监测和病原体发现提供了一个有希望的替代方案.
