相关实验视频
Updated: May 6, 2026
08:41
Analyzing Dendritic Morphology in Columns and Layers
Published on: March 23, 2017
9.3K
推断树状单细胞轨迹与托特姆
António G G Sousa1, Johannes Smolander1, Sini Junttila1
1Turku Bioscience Centre, University of Turku and Åbo Akademi University, Turku, Finland.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|July 27, 2024
概括
托特姆软件从单细胞转录组数据中推断出复杂的树状细胞发育轨迹. 用户友好的协议使细胞分化的可重复分析成为可能,例如在人类骨髓干细胞中.
科学领域:
- 计算生物学 计算生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 细胞生物学 细胞生物学
背景情况:
- 单细胞转录组学揭示了细胞异质性.
- 轨迹推理方法命令细胞模拟动态过程,如差异化.
- 推断复杂的树状细胞结构仍然是一个挑战.
研究的目的:
- 通过使用Totem方法推断树状单细胞轨迹的用户友好的协议.
- 提供细胞分化途径的可复制分析.
- 为了证明托特姆对复杂拓预测的实用性.
主要方法:
- 开发和介绍两个协议:快速启动和指导启动托特姆.
- 托特姆对单细胞转录组学数据的应用.
- 使用人类骨髓CD34+细胞分析红状腺,淋巴状腺和骨髓系分支的案例研究.
主要成果:
- 托特姆成功地推断了线性和非线性轨迹的灵活性.
- 提供的协议促进了简单和可重复的分析.
- 证明了在复杂的生物系统中解决分支轨迹的能力.
结论:
- 托特姆为推断复杂的单细胞轨迹提供了一个强大的和可用的解决方案.
- 可复制的协议和Docker图像降低了分析细胞发育的障碍.
- 这项工作推进了细胞分化和异质性的计算分析.
