开发用于低输入向蛋白质组的快速测试,使用多功能线性离子陷

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 质谱测量质量谱测量
• 细胞生物学 细胞生物学

背景情况:

• 在蛋白质组学中,通常需要高质量精度仪器来研究有限的细胞群.
• 由于低质量精度测量,三重四极仅限于向蛋白质组学.
• 线性离子陷 (LIT) 为目标和全球蛋白质组学提供了一种多功能,具有成本效益的选择.

研究的目的:

• 描述一种工作流程,用于开发针对性蛋白质组学测试,从使用混合四极-LIT仪器的全球数据独立采集 (DIA) 测量.
• 为了证明这个工作流程的能力,而不需要高质量准确度.
• 展示该仪器用于分析有限的细胞群和低水平蛋白质的实用性.

主要方法:

• 使用了一种新的混合四极-线性离子陷 (LIT) 仪器.
• 开发了一种自动化的软件方法来安排并行反应监测 (PRM) 试验.
• 执行全球数据独立获取 (DIA) 进行测试开发.
• 在1 ng背景蛋白质组中的量化低水平蛋白质.

主要成果:

• 在一个匹配的矩阵背景中,在三个数量级实现了一致的量化.
• 对于像转录因子和细胞因子这样的低水平蛋白质,在没有稳定的同位素标记标准的情况下,证明了低于两次数的定量线性.
• 从1ng样本中使用基于LIT的蛋白质组学和高维流细胞计,显示了CD4+和CD8+T细胞子集中的蛋白质之间的一致性.

结论:

• 混合四极LIT仪器为目标蛋白质组学提供了一个经济的解决方案.
• 这种工作流使质谱学在各种实验室环境中实现民主化,特别是对于有限的样本大小.
• 该方法可以对细胞研究中至关重要的低丰度蛋白质进行敏感的量化.