通过定量DMS化学测绘来确定RNA三级接触热力学的高通量测定
Bret Lange1, Ricardo G Gil1, Gavin S Anderson1
1Department of Chemistry, University of Nebraska, 639 North 12th St, Lincoln, NE 68588, USA.
Nucleic acids research
|July 31, 2024
概括
我们开发了定量MaPseq (qMaPseq),这是一种高通量方法,用于使用标准设备测量RNA三级接触热力学. 这种方法将二甲基硫酸盐的反应性与热力学稳定性联系起来,使得精确的3D结构建模成为可能.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 分子生物学分子生物学
- 结构生物学 结构生物学
背景情况:
- 结构性RNA依赖于远程三级接触来发挥其功能.
- 目前用于测量RNA三级接触热力学的现有方法往往具有低通量或需要专门的仪器.
研究的目的:
- 为测量RNA三级接触热力学引入一种新的高通量定量化学映射方法 (qMaPseq).
- 评估qMaPseq用于分析四/四受体 (TL/TLR) 变体及其与现有方法的相关性.
主要方法:
- 开发和应用定量MaPseq (qMaPseq) 来测量Mg2+诱导的三级接触形成.
- 在单反应中,对98个独特的TL/TLR变体的自由能量 (ΔG) 的高吞吐量测量.
- 二甲基硫酸盐 (DMS) 反应活性与测量热力学稳定性的相关性.
主要成果:
- qMaPseq准确地测量了98个TL/TLR变体的热力学,显示出与专用仪器的良好一致 (R2=0.64).
- 四叶草 (TL) 的二甲基硫酸盐 (DMS) 反应性与接触稳定性 (R2=0.68) 直接相关,提供了这种关系的第一个直接证据.
- 与结构预测相结合的DMS反应性,使得对TLR突变的精确3D模型的开发成为可能.
结论:
- qMaPseq是一种广泛可用的,高通量方法,用于量化RNA三级接触热力学.
- 该方法在DMS反应性和热力学稳定性之间建立了直接联系.
- qMaPseq促进了RNA分子准确的3D结构模型的开发.
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