针对蛋白质溶解向嵌合体 (PROTACs) 的in silico设计的计算方法和关键考虑因素
1College of Life Sciences and Medicine, Zhejiang Sci-Tech University, Hangzhou 310018, China; Pharmaceutical Chemistry Department, Faculty of Pharmacy, Cairo University, Cairo 11562, Egypt.
International journal of biological macromolecules
|July 31, 2024
概括
计算工具加速了针对蛋白质溶解的嵌合体 (PROTACs) 设计,以获得无法制药的蛋白质. 本综述涵盖了用于PROTAC开发的AI和非AI方法,指导未来的研究.
科学领域:
- 药用化学 医学化学
- 计算生物学 计算生物学
- 药物发现 药物发现 药物发现
背景情况:
- 向蛋白溶解的仿真体 (PROTACs) 是异构生物功能分子,可以向以前无法向的蛋白质.
- PROTACs提供了一种新的治疗方式,但它们的设计复杂.
- 获得PROTAC三元复合体晶体结构的挑战需要计算方法.
研究的目的:
- 为 PROTAC 设计提供计算方法的全面概述.
- 涵盖基于人工智能 (AI) 和非基于AI的计算方法.
- 以指导未来的模型开发和 PROTAC 设计策略.
主要方法:
- 对PROTAC设计的计算工具现有文献的审查.
- 将计算方法分为基于AI和非基于AI的类别.
- 讨论涵盖蛋白质选择,三元复合模型和预测的方法.
主要成果:
- 确定帮助 PROTAC 设计的关键计算工具.
- 将方法分为AI和非AI方法的分类.
- 讨论PROTAC设计和AI模型部署的临界考虑.
结论:
- 计算方法对于推进 PROTAC 设计至关重要,特别是对于具有挑战性的目标.
- 人工智能和非人工智能方法都为优化 PROTAC 开发提供了有价值的策略.
- 建议进行进一步的研究和模型开发,以提高PROTAC的设计能力.
