在结直肠癌中对肝转移特异性基因的基于机器学习的查和验证
Shiyao Zheng1, Hongxin He1, Jianfeng Zheng2
1Department of Gastrointestinal Surgical Oncology, Clinical Oncology School of Fujian Medical University, Fujian Cancer Hospital, Fuzhou, 350014, People's Republic of China.
Scientific reports
|July 31, 2024
概括
研究人员确定了包括SPP1,ZG16和P2RY14在内的关键基因,用于诊断和预测结直肠肝转移 (CRLM). SPP1显示出作为促进癌症的潜在因素,有助于CRLM诊断和预后.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 结肠直肠肝转移 (CRLM) 在结肠直肠癌治疗中提出了重大临床挑战.
- 了解推动CRLM发展的分子机制至关重要,但有限.
- 来自GEO和TCGA的RNA测序数据为分子研究提供了基础.
研究的目的:
- 确定与CRLM发展和预后相关的特定基因.
- 开发和验证CRLM的诊断模型.
- 探索已识别的基因在CRLM进展中的功能作用.
主要方法:
- 使用机器学习算法 (Lasso,随机森林,SVM-RFE,XGboost) 来选枢纽CRLM特定的基因.
- 开发并验证了CRLM识别模型,使用阶段逻辑回归和多个数据集.
- 通过拉索-考克斯回归评估枢纽基因的预后价值,并进行了体外实验.
主要成果:
- 使用SPP1,ZG16,P2RY14和PRKAR2B构建了一个CRLM识别模型,并在几个队列中验证.
- 确定了五个预后枢纽基因 (SPP1,ZG16,P2RY14,CYP2E1,C5),其中SPP1,ZG16和P2RY14显示出诊断和预后相关性.
- SPP1与M2巨细胞极化和细胞外基质重塑有关,这表明它有促进癌症的作用.
结论:
- SPP1,ZG16和P2RY14是CRLM诊断和预后的关键基因.
- 在CRLM中,SPP1可能起到促进癌症的作用.
- 识别的枢纽基因可以帮助确定CRLM诊断,预后和免疫透模式.
