在Trichomonas tenax和Trichomonas vaginalis之间进行比较的基因组学:CAZymes和候选毒性因子

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 口腔健康 口腔健康

背景情况:

• 特里科莫纳斯 (Trichomonas tenax) 是一种口腔原生虫寄生虫,与牙周炎有关.
• 与宿主细胞和口腔微生物群的T. tenax相互作用的分子机制尚不清楚.
• 对T. tenax的基因组级数据有限,阻碍了功能分析.

研究的目的:

• 为T. tenax.的两个基因组组合草案提供结构和功能注释.
• 在T. tenax.中识别候选毒性因子和碳水化合物活性酶 (CAZymes).
• 将T. tenax的毒性因子与Trichomonas vaginalis的毒性因子进行比较.

主要方法:

• 利用GenSAS和Galaxy进行基因组注释,专注于蛋白质编码基因.
• 在T. tenax和T. vaginalis.中开发了一个用于CAZyme注释的自定义管道.
• 采用生物信息学分析来识别T. vaginalis毒性同类和T. tenax.殖民因素的同类.

主要成果:

• 标注了两个T. tenax基因组草案,确定了许多候选毒性因子,包括表面蛋白质,分泌蛋白质和酶.
• CAZyme的注释揭示了大量的甘氨酸酸酶 (GH) 家族,其中许多与T. vaginalis.共享.
• 通过将其蛋白质与T. vaginalis. 的比较,确定了T. tenax的潜在毒性因素.

结论:

• 已确定的候选病毒性基因通过直接和间接的机制支持T. tenax在牙周炎中的作用.
• 特定的GH蛋白质代表了Trichomonas两种物种潜在的新型毒性因素.
• 坦纳克斯可能通过与宿主细胞和口腔微生物群相互作用,加剧炎症,导致牙周炎的发病.