对于FFPE组织蛋白质和光蛋白质的脱,再水和提取方法的定量比较
Erin M Humphries1, Clare Loudon1, George E Craft1
1ProCan, Children's Medical Research Institute, Faculty of Medicine and Health, The University of Sydney, Westmead, New South Wales 2145, Australia.
Analytical chemistry
|August 5, 2024
概括
优化样本制备对于甲固定嵌 (FFPE) 组织的蛋白质和蛋白质分析至关重要. 这项研究评估了脱和提取方法,并推了有效发现生物标志物的具体方法.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 生物标志物发现发现
- 质谱测量质量谱测量
背景情况:
- 在蛋白质和蛋白质生物标志物研究中,固定甲嵌入式 (FFPE) 组织非常有价值.
- 样本准备对数据质量产生重大影响,包括识别号码,强度和可重复性.
- 优化FFPE处理对于可靠的生物标志物发现至关重要.
研究的目的:
- 为了比较FFPE组织蛋白质组分析的脱和提取方法.
- 确定最大限度地提高和的产量和可重复性的最佳方法.
- 为生物标志物研究中FFPE样本准备提供建议.
主要方法:
- 评估了四种脱巴拉芬化/再水化方法 (赫, 希斯托林, SubX, 亚烯).
- 在各种老鼠器官 (脏,肌肉,肺,丸) 中评估了五种修改后的提取方法.
- 利用数据独立获取质谱仪进行蛋白质和蛋白质分析.
主要成果:
- 和甲醇在脱过程中表现出最低的变化系数 (CVs).
- 热 n' Beat提供了最快,最可复制的提取,具有高消化效率和低CVs.
- S-Trap产生了最多的;TFE在聚丰富方面表现出色.
- SP3 方法显示组织溶解不足;SPEED 试验显示量化偏差.
结论:
- 方法选择会影响FFPE组织中的蛋白质和蛋白质数据质量.
- 对于一般的提取,建议使用Heat n' Beat和S-Trap,而对于类,则建议使用TFE.
- 根据FFPE生物标志物研究的实验目标和组织类型,建议采用特定的方案.
