将环境健康数据集从比较毒基因组学数据库转换为和弦图,以可视化分子机制
Brent Wyatt1, Allan Peter Davis1, Thomas C Wiegers1
1Department of Biological Sciences, North Carolina State University, Raleigh, NC, United States.
Frontiers in toxicology
|August 6, 2024
概括
这项研究引入了一种新的基于R的方法,以可视化复杂的化学物质-基因-表型-疾病相互作用. 这些可视化帮助研究人员识别关键的环境健康因素,填补分子机制的知识空白.
科学领域:
- 环境健康科学 环境健康科学
- 毒理学 毒理学 毒理学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 在了解将化学物质暴露与不良健康结果联系在一起的分子机制方面存在知识差距.
- 比较毒基因组学数据库 (CTD) 整理了基于文献的相互作用,以推断潜在的分子机制.
- 虽然CTD产生了"CGPD-tetramers" (化学-基因-表型-疾病),但大型数据集带来了分析挑战.
研究的目的:
- 开发一种用户友好的方法来可视化CTD衍生的大型CGPD-tetramer数据集.
- 为了促进对毒理学数据中的关键化学物质,基因,表型和疾病的识别.
- 帮助研究人员填补与化学物质暴露和环境健康相关的知识差距.
主要方法:
- 一种使用R编程语言将CGPD-tetramer数据转换为和弦图的新方法.
- 视觉化方法的设计是简单的,并可访问的用户有有限的R经验.
- 弦图整合了多个CGPD-四度体,以提供对潜在分子通路的整体视图.
主要成果:
- 成功地将大型CGPD-tetramer数据集转化为易于解释的和弦图.
- 视觉化有效地突出了潜在的关键化学物质,基因,表型和疾病.
- 基于R的方法简化了复杂的毒理相互作用数据的分析.
结论:
- 弦图提供了一个可访问和强大的工具,用于分析计算衍生的毒理学机制.
- 这种可视化方法有助于识别复杂的化学疾病关系中的关键组件.
- 该方法支持通过更好地分析暴露数据来填补环境健康方面的知识空白.
