对预分析因素的系统审查和可行性研究以及对档案中的甲固定型胺嵌入乳腺癌组织的基因组分析
Dimitrios Salgkamis1, Emmanouil G Sifakis2, Susanne Agartz2
1Department of Oncology-Pathology, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden. dimitrios.salgkamis@ki.se.
Scientific reports
|August 6, 2024
概括
甲固定嵌 (FFPE) 乳腺癌组织可用于基因组和基因表达分析. 这项研究证实了FFPE工作流程用于翻译研究的可行性,包括有针对性的DNA测序和基因表达造型.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 甲固定嵌 (FFPE) 组织是转化癌症研究的丰富资源.
- 在将各种下游方法应用于FPE样本时存在挑战.
- 对于可靠的翻译研究,FPPE工作流程的标准化至关重要.
研究的目的:
- 评估使用FFPE乳腺癌 (BC) 组织进行基因组和基因表达分析工作流程的可行性.
- 为了评估FFPE和新鲜冷匹配组织之间的一致性,用于DNA和RNA应用.
- 为了比较FFPEBC样本的核酸提取套件的性能.
主要方法:
- 对FFPE与新鲜冷匹配的BC组织进行系统的文献综述.
- 在FFPE BC临床样本上对三个核酸提取套件进行比较.
- 针对性DNA下一代测序 (NGS) 和nCounter BC360®在FFPE样本上的基因表达概况.
主要成果:
- 对40篇文章的系统审查显示,FFPE与各种下游应用的新鲜冷组织之间存在很高的一致性.
- 同时的DNA/RNA提取证明了成功的向DNA NGS和基因表达造型.
- 除了5%以下的变异,变异的等位基因频率减轻了FFPE诱导的人工物.
结论:
- 针对性基因组和基因表达分析是可行的,使用FFPE乳腺癌组织同时提取的DNA/RNA.
- FFPE工作流适合在临床试验和队列研究中实施.
- 需要仔细的变异过,以确保FFPE样本的数据准确性.
