optiPRM:一个有针对性的免疫瘤学LC-MS工作流程,具有超高的灵敏度,用于从有限的输入材料中检测突变衍生的瘤新生代质
Mogjiborahman Salek1, Jonas D Förster2, Jonas P Becker1
1Division of Immunotherapy and Immunoprevention, German Cancer Research Center (DKFZ) Heidelberg, Heidelberg, Germany; Molecular Vaccine Design, German Center for Infection Research (DZIF), Partner Site Heidelberg, Heidelberg, Germany.
Molecular & cellular proteomics : MCP
|August 7, 2024
概括
我们开发了optiPRM,这是一种优化质谱测试的方法,用于检测低丰度的癌症新进位. 这种方法可以从小的临床样本中识别可操作的新表位,从而推进个性化癌症免疫疗法.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 在瘤学瘤学.
- 分析化学 分析化学
背景情况:
- 个性化癌症免疫疗法,包括治疗性疫苗和采用性T细胞转移,依赖于由人白细胞抗原I类分子向细胞毒性T细胞呈现瘤特异性.
- 经常由体质突变引起的新皮托普是设计有效的癌症治疗方法的关键目标.
- 基于液体染色体质谱学 (LC-MS) 的免疫组学是直接确认癌细胞上呈现的最终方法.
研究的目的:
- 开发和验证一个参数优化工作流程,optiPRM,以提高针对性免疫类药物检测的检测灵敏度.
- 为了能够识别低丰度,突变衍生的新表位基因,对个性化癌症免疫疗法至关重要.
主要方法:
- 开发了optiPRM,这是一个用于优化目标质谱测试中的碰撞能量的工作流程,以最大限度地提高检测灵敏度.
- 将 optiPRM 工作流应用于免疫瘤学,分析患者衍生的异种移植和小型临床瘤样本.
- 利用向LC-MS来识别和量化突变衍生的新表位.
主要成果:
- 证明了超高灵敏度,在患者衍生的异种移植中检测出仅2.5 × 10^6细胞的新表位.
- 在使用小瘤样本大小的三名患者中确定了五种突变衍生新表位.
- 证实患者的T细胞识别了一种已识别的新表位,验证了其免疫性.
结论:
- optiPRM显著提高了针对性质谱的灵敏度,以检测免疫类药物.
- 这种工作流有助于从临床相关的样本大小中识别可操作的新表位.
- optiPRM代表了个性化癌症免疫疗法的合理设计和实施的重大进步.
