MicroBundlePillarTrack:一个Python软件包,用于自动细分,跟踪和分析心脏微捆中的柱子偏移
Hiba Kobeissi1, Xining Gao2,3,4, Samuel J DePalma5
1Department of Mechanical Engineering, Center for Multiscale and Translational Mechanobiology, Boston University, Boston, Massachusetts, United States.
microPublication biology
|August 8, 2024
概括
我们开发了MicroBundlePillarTrack,这是一个开源软件,用于分析人类诱导的多能干细胞衍生的心脏微捆. 这个工具可以实现高通量,可重复的收缩性分析和跨平台的比较.
科学领域:
- 生物医学工程 生物医学工程
- 干细胞生物学 干细胞生物学
- 心血管研究研究心血管研究
背景情况:
- 人类诱导的多能干细胞 (hiPSC) 衍生的工程心脏组织 (微束) 提供了对结构和功能成熟度的见解.
- 提取这些数据以可重复性和高吞吐量的方式是具有挑战性的.
- 在不同的体外实验平台上进行定量比较是很困难的.
研究的目的:
- 介绍MicroBundlePillarTrack,这是一个开源的Python包,用于对心脏微捆收缩性的自动分析.
- 为了从hiPSC衍生的心脏组织中实现高通量和可重复的数据提取.
- 为了促进不同实验平台的可靠的定量比较.
主要方法:
- 开发了一个基于光流的开源软件包,名为MicroBundlePillarTrack.
- 该软件自动分割支柱,并在微捆电影中跟踪它们的位移.
- 输出时间依赖的指标,包括跳动幅度,速率,收缩力和组织应力.
主要成果:
- 该软件成功地自动化了支柱细分和位移跟踪.
- 能够对大型数据集进行高吞吐量分析,提高速度和可重复性.
- 促进可靠的跨平台比较,克服手工方法的局限性.
结论:
- MicroBundlePillarTrack为心脏微捆收缩性分析提供了一个完全自动化的解决方案.
- 开源软件和共享数据集促进了研究实验室之间的定量比较.
- 旨在推动生物医学工程开源生态系统的集体进步.
