参考设计对从废水测序数据中估计SARS-CoV-2血统丰度的影响

科学领域:

• 环境微生物学环境微生物学
• 病毒学 病毒学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 废水测序对于监测社区中SARS-CoV-2变种和突变至关重要.
• 准确的谱系分配依赖于已知的SARS-CoV-2谱系及其突变配置文件的全面参考数据集.

研究的目的:

• 评估基于突变和序列的参考重建对废水中SARS-CoV-2丰度估计的影响.
• 分析参考选择和参数设置如何影响变异检测和量化.

主要方法:

• 合成和现实世界废水样本的基准测试 (德国,2021年).
• 基于突变和基于序列的参考方法的比较.
• 参数升级实验以评估参考大小和等位基因频率切断效应.

主要成果:

• 基于突变和序列的方法都对参考选择和参数优化敏感.
• 基于标记物突变的方法面临的挑战是,随着SARS-CoV-2突变和谱系多样性的增加.
• 不同的参数设置产生不同的丰度估计,受样本和参考成分的影响.

结论:

• 参考设计是一个关键的计算挑战,直接影响了废水中的SARS-CoV-2丰度分配.
• 结果为开发改进的废水监测方法和公共卫生质量指标提供了洞察力.