使用病毒多样性来识别HIV-1变体在HLA依赖的选择下在系统的病毒基因组范围的选中
Nadia Neuner-Jehle1,2, Marius Zeeb1,2, Christian W Thorball3
1Department of Infectious Diseases and Hospital Epidemiology, University Hospital Zurich, Zurich, Switzerland.
PLoS pathogens
|August 8, 2024
概括
这项研究揭示了人类白细胞抗原 (HLA) 相互作用如何影响人类免疫缺陷病毒1型 (HIV-1) 的进化. 免疫选择压力影响病毒变异,并在慢性感染期间影响病毒载量.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 遗传学 遗传学 是一个
- 进化生物学 进化生物学
背景情况:
- 人类免疫缺陷病毒1型 (HIV-1) 发病过程涉及复杂的宿主病毒相互作用随着时间的推移.
- 了解这些动态对于理解病毒进化和疾病进展至关重要.
研究的目的:
- 开发和应用一种新的系统方法来评估HIV-1感染中的宿主病毒相互作用.
- 为了研究人类白细胞抗原 (HLA) 变异在慢性未经治疗的感染期间对病毒进化和病毒RNA负载 (VL) 的影响.
主要方法:
- 利用平均对对病毒多样性作为感染以来的时间的代理.
- 分析了来自瑞士艾滋病毒队列研究的几乎整个病毒基因组序列 (n=4,464),HLA基因型化数据 (n=1,044),和VL测量 (n=829).
- 进行了全基因组查,时间到事件分析和计算HLA-表位预测.
主要成果:
- 确定了98个HLA/病毒变异对,显示出免疫驱动的选择,在感染时间内对HIV氨基酸变异产生HLA依赖的影响.
- 发现这些对中的12对显著影响了病毒RNA负载 (VL).
- 通过时间到事件分析验证了28/58对和通过计算HLA-表位预测验证了48/92.
结论:
- 开发的基于多样性的方法为研究病毒-细胞免疫相互作用提供了强大的工具.
- 突出了由HLA介导的选择压力影响的显著相互作用子集.
- 强调了HLA驱动的选择塑造HIV-1进化和病变的复杂性.
