CircadiPy:一个开源工具包,用于分析时代生物学时间序列
João Pedro Carvalho-Moreira1, Leonardo de Oliveira Guarnieri1, Matheus Costa Passos2
1Departamento de Fisiologia e Biofísica, Instituto de Ciências Biológicas - Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brasil; Centro de Tecnologia e Pesquisa em Magneto Ressonância, Programa de Pós-Graduação em Engenharia Elétrica - Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brasil.
Journal of neuroscience methods
|August 8, 2024
概括
本研究介绍了CircadiPy,这是一个开放式访问的Python库,用于分析生物节奏. 它为研究人员提供了一个灵活的工具包,可以从时间序列数据中提取昼夜节律的关键参数.
科学领域:
- 时间生物学 时间生物学
- 生物节奏 生物节奏
- 哺乳动物生理学哺乳动物生理学
背景情况:
- 哺乳动物的生物过程,包括新陈代谢,体温,活动和睡眠,都表现出昼夜节律.
- 生物节奏性的统计评估包括分析时间序列数据以提取周期,振幅,相位和可变性等参数.
研究的目的:
- 介绍CircadiPy,一个开放式访问的Python库用于时代生物学数据分析.
- 为研究人员提供灵活,全面和可扩展的工具包,用于分析节奏性影响的过程.
主要方法:
- 开发CircadiPy Python库,封装时间生物学分析和数据检查的方法.
- 在单个Python对象中使用简化的计算方法进行时间序列数据分析.
主要成果:
- CircadiPy有效地指导用户分析来自不同来源的时代生物学数据.
- 该工具包精确地提取与昼夜节律相关的参数.
结论:
- CircadiPy提供了一个简单的,免费的替代商业工具的时代生物学分析.
- 作为一个开源工具,CircadiPy鼓励社区为增强功能和可视化做出贡献.


