高通量图像处理软件用于研究核结构和基因表达的研究.
Adib Keikhosravi1, Faisal Almansour2,3, Christopher H Bohrer4
1High-Throughput Imaging Facility, National Cancer Institute, National Institute of Health, Bethesda, MD, 20892, USA.
Scientific reports
|August 8, 2024
概括
高通量图像处理软件 (HiTIPS) 为复杂的生物图像分析提供了一个可定制的开源平台. 这种灵活的工具集成了新的算法,增强了各种细胞生物学应用的高通量成像工作流.
科学领域:
- 细胞生物学 细胞生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 高通量成像 (HTI) 产生了庞大的数据集,但商业软件缺乏针对新算法的定制.
- 现有的开源HTI平台往往难以集成新的分析模块或算法.
研究的目的:
- 引入高通量图像处理软件 (HiTIPS) 以提高HTI分析能力.
- 为集成先进的图像处理和机器学习算法提供灵活的开源平台.
主要方法:
- 开发了HiTIPS,专注于自动细分,检测,跟踪,注册和量化.
- 包含一个图形用户界面,用于无集成新的分析模块.
- 通过DNA FISH,免疫光和活细胞成像的工作流程来证明其实用性.
主要成果:
- HiTIPS可实现自动化的细胞和细胞核细分,点检测和核/点跟踪.
- 该平台有助于核记录和量化点位信号强度.
- 成功地将HiTIPS应用于各种成像模式,包括FISH,IF和活细胞转录成像.
结论:
- HiTIPS是一个用户友好的,灵活的,开源的HTI软件平台.
- 它扩展了细胞生物学图像分析工作流程的定制选项.
- 促进了用于先进的生物成像应用的新算法的集成.
